میکروب‌شناسی محیطی به مطالعه میکروب‌ها و نقش آن‌ها در محیط‌های طبیعی مانند خاک، آب و هوا می‌پردازد. این علم به بررسی تعاملات میکروبی با دیگر موجودات زنده و تأثیر آن‌ها بر اکوسیستم‌ها کمک می‌کند. این رشته شامل بررسی انواع میکروب‌ها، از جمله باکتری‌ها، قارچ‌ها و ویروس‌ها است و به درک فرآیندهای زیستی مانند تجزیه مواد آلی و چرخه‌های مواد مغذی می‌پردازد. میکروب‌شناسی محیطی همچنین در مدیریت آلودگی و حفظ تنوع زیستی اهمیت دارد.