اکوسیستم‌های عمیق به مجموعه‌ای از موجودات زنده و محیط‌های طبیعی اطلاق می‌شود که در اعماق دریاها و اقیانوس‌ها وجود دارند. این اکوسیستم‌ها شامل جانداران دریایی، پلانکتون‌ها و باکتری‌ها هستند که در شرایط سخت مانند فشار بالا و دماهای پایین زندگی می‌کنند. این اکوسیستم‌ها نقش مهمی در چرخه‌های زیستی و تأمین غذا برای موجودات دیگر دارند. همچنین، اکوسیستم‌های عمیق به عنوان منبعی برای کشف داروها و مواد جدید شناخته می‌شوند و می‌توانند به درک بهتر از تغییرات اقلیمی کمک کنند.