مدیریت اکوسیستم‌ها به فرآیند برنامه‌ریزی و نظارت بر استفاده و حفاظت از منابع طبیعی در یک اکوسیستم خاص اشاره دارد. هدف این مدیریت، حفظ تعادل طبیعی و تنوع زیستی است تا از تخریب محیط زیست جلوگیری شود. این فرآیند شامل ارزیابی وضعیت موجود، شناسایی تهدیدات و تدوین استراتژی‌های مؤثر برای بهبود و نگهداری اکوسیستم‌ها می‌باشد. در مدیریت اکوسیستم‌ها، همکاری بین دولت‌ها، سازمان‌های غیردولتی و جامعه محلی اهمیت زیادی دارد. این همکاری می‌تواند به بهبود آگاهی عمومی و تشویق به استفاده پایدار از منابع طبیعی کمک کند. همچنین، استفاده از فناوری‌های نوین و داده‌های علمی در این زمینه می‌تواند به تصمیم‌گیری‌های بهتر و مؤثرتر منجر شود.