Otoimmün hastalıklar, bağışıklık sisteminin vücuda ait hücrelere ve dokulara saldırdığı durumları ifade eder. Normalde bağışıklık sistemi, enfeksiyonlarla savaşmak için çalışırken, otoimmün hastalıklarda bu sistem yanlışlıkla sağlıklı hücreleri hedef alır. Bu durum, çeşitli hastalıklara yol açabilir ve genellikle iltihaplanma, ağrı ve organ hasarı ile sonuçlanır. Bu hastalıkların örnekleri arasında romatoid artrit, lupus ve tip 1 diyabet bulunur. Otoimmün hastalıkların kesin nedeni henüz tam olarak anlaşılamamıştır, ancak genetik, çevresel ve hormonal faktörlerin rol oynadığı düşünülmektedir. Tedavi genellikle semptomları yönetmeye ve bağışıklık sistemini düzenlemeye yöneliktir.