The AA-index is a database that provides a collection of amino acid substitution matrices used in bioinformatics. These matrices help researchers assess the similarity between protein sequences by scoring how well different amino acids can replace one another. This is crucial for understanding protein evolution and function. Developed by {K. T. H. H. K. K. K. K. K. K. K. K. K. K. K. K. K. K. K. K. K. K. K. K. K. K. K. K. K. K. K. K. K. K. K. K. K. K. K. K. K. K. K. K. K. K. K. K. K. K. K. K. K. K. K. K. K. K. K. K. K. K. K. K. K. K. K. K. K. K. K. K.