پپتیدوگلیکان یک مولکول بزرگ است که در دیواره سلولی باکتری‌ها وجود دارد. این ترکیب از زنجیره‌های پلی‌ساکاریدی و پپتیدها تشکیل شده و به باکتری‌ها استحکام و شکل می‌دهد. پپتیدوگلیکان به عنوان یک جزء کلیدی در شناسایی و تمایز باکتری‌ها در سیستم ایمنی بدن عمل می‌کند. این ماده به دو نوع اصلی تقسیم می‌شود: میکوپلاسم‌ها که دیواره سلولی ندارند و باکتری‌های گرم مثبت و باکتری‌های گرم منفی که دیواره‌های متفاوتی دارند. پپتیدوگلیکان همچنین هدفی برای برخی آنتی‌بیوتیک‌ها مانند پنی‌سیلین است که با جلوگیری از سنتز آن، باکتری‌ها را از بین می‌برد