مقناطیسی کہکشائیں وہ کہکشائیں ہیں جن میں مقناطیسی میدان کی موجودگی ہوتی ہے۔ یہ میدان کہکشاں کے ستاروں اور گیسوں کی حرکت پر اثر انداز ہوتا ہے۔ مقناطیسی کہکشاؤں میں، مقناطیسی قوتیں کہکشاں کی ساخت اور اس کی ترقی میں اہم کردار ادا کرتی ہیں۔ یہ کہکشائیں عام طور پر سیاہ سوراخ یا نیوٹران ستاروں کے گرد موجود ہوتی ہیں، جو طاقتور مقناطیسی میدان پیدا کرتے ہیں۔ ان کہکشاؤں کی مثالیں مقناطیسی کہکشاں NGC 4631 اور مقناطیسی کہکشاں M82 ہیں، جو اپنی منفرد خصوصیات کی وجہ سے مشہور ہیں۔