مدارس پروتستان به مؤسسات آموزشی اشاره دارند که تحت تأثیر اصول و آموزه‌های مذهب پروتستان تأسیس شده‌اند. این مدارس معمولاً بر روی آموزش دینی، اخلاقی و علمی تأکید دارند و هدف آن‌ها تربیت دانش‌آموزانی با ارزش‌های مسیحی است. این مدارس می‌توانند شامل مقاطع مختلف تحصیلی از مهدکودک تا دبیرستان باشند و در بسیاری از کشورها، به ویژه در آلمان و ایالات متحده، وجود دارند. مدارس پروتستان معمولاً به دنبال ایجاد محیطی حمایتی و پرورش روحیه همکاری و خدمت به جامعه هستند.