شبیه‌سازی مولکول‌ها یک روش علمی است که به محققان این امکان را می‌دهد تا رفتار و ویژگی‌های مولکول‌ها را با استفاده از کامپیوتر مدل‌سازی کنند. این فرآیند شامل استفاده از الگوریتم‌ها و معادلات فیزیکی برای پیش‌بینی نحوه تعامل مولکول‌ها با یکدیگر و با محیط اطرافشان است. این تکنیک در زمینه‌های مختلفی مانند شیمی، زیست‌شناسی و فیزیک کاربرد دارد و می‌تواند به توسعه داروها، مواد جدید و درک بهتر فرآیندهای بیولوژیکی کمک کند. شبیه‌سازی مولکول‌ها به محققان این امکان را می‌دهد تا آزمایش‌های پیچیده را بدون نیاز به آزمایش‌های فیزیکی انجام دهند.